קוטלי פטריות מסווגים לפי תכונות המוליכות שלהם

1. קוטלי פטריות מערכתיים
קוטלי פטריות מערכתיים יכולים להיספג על ידי עלים, גבעולים, שורשים וזרעים של צמחים לצמחים, ויכולים להיות מועברים, מפוזרים, נשמרים או לייצר מטבוליטים דרך נוזלי גוף צמחיים, שיכולים למנוע ולשלוט בכמה מחלות שחודרות עמוק לתוך הצמחים או בצמחים. אנדוספרם של זרעים להגנה על יבולים הוא אינו נגוע בפתוגנים או מטפל בצמחים נגועים, ולכן יש לו השפעות טיפוליות ומגן. כגון carbendazim, Lectra, Lvheng No. 2, Duomycin, Shuangyeqing, Thiacin copper, metalaxyl, phosphonaluminium, thiophanate-methyl, methoxone, fenxining, copper metalax, anti-virus alum, Seed dressing double וכן הלאה.
2. קוטלי פטריות לא סיסטמיים
קוטלי פטריות לא סיסטמיים מתייחסים לגורמים שאינם יכולים להיספג באופן מערכתי על ידי צמחים, להוביל ולשמור. רוב הזנים הינם קוטלי פטריות לא סיסטמיים, אשר נוטים פחות לגרום לפתוגנים לפתח עמידות וחסכוניים יחסית, אך לרובם יש רק אפקט מגן ואינם יכולים למנוע ולשלוט במחלות החודרות לעומק הצמח. כמו אבץ סולפט, נחושת סולפט, דודין, כלורטלוניל, נחושת חלב ירוקה, חומר פעיל שטח, סינרגיסט, תרכובת גופרית, אפר צמחי, תערובת בורדו, מנקוזב, תירם ועוד. בנוסף, ניתן לסווג קוטלי פטריות גם לפי שיטת השימוש, כגון חומרים לטיפול בזרעים, חומרי חיטוי אדמה, תרסיסים וכו'.
3. קוטלי פטריות מגן
יש בעיקר את הקטגוריות הבאות: גופרית ותרכובות גופרית אנאורגניות, כגון חומר מרחף גופרית, תערובת גופרית סיד מוצקה וכו'; תכשירי נחושת, בעיקר כולל תערובת בורדו, תערובת קופרואמוניה וכו'; תרכובות גופרית אורגניות, כגון תירם, אבץ ואמוניום אבץ, מנקוזב וכו'; פטלימידים, כגון קפטן, קפטפול ופולפט וכו'; אנטיביוטיקה, כגון Jinggangmycin, Blasticidin, Polyoxin וכו'; סוגים אחרים, כגון Yekuling, Yekujing, Chlorothalonil, Hesuining וכו'.