קוטלי פטריות מסווגים לפי אופן השימוש בהם

1. סוכן מגן
לפני שהמיקרואורגניזמים הפתוגניים יוצרים קשר עם הצמח או טובלים את הצמח, הצמח או הסביבה הסובבת מטופלים בתרופה כדי לעכב את הנביטה של ​​הנבגים הפתוגניים או להרוג את הנבגים הפתוגניים המונבטים כדי להגן על הצמח מנזקיו. אפקט זה נקרא אפקט הגנה. סוכנים עם השפעה זו הם סוכני הגנה. כגון תערובת בורדו, אבץ אבץ, נחושת גופרתית, נחושת חלב ירוקה, מנקוזב, כלורטלוניל וכן הלאה.
2. סוכנים טיפוליים
המיקרואורגניזמים הפתוגניים של הגורם הטיפולי חדרו לצמח, אך הצמח מראה תסמינים ונמצא בתקופת הדגירה. התרופה חודרת לרקמת הצמח מאפידרמיס של הצמח, והורגת או מעכבת את הפתוגן באמצעות התמרה, דיפוזיה או ייצור של מטבוליטים, כך שהצמח החולה לא יסבול יותר וישקם את הבריאות. סוכנים בעלי אפקט טיפולי זה נקראים סוכנים טיפוליים או כימותרפיים. כגון thiophanate-methyl, carbendazim, kasugamycin וכן הלאה.
3. חומר מחסל
מחסלים מתייחסים לפתוגנים שיכולים להרוג ישירות פתוגנים שפלשו לצמחים כאשר הם מיושמים לאחר שהצמחים נדבקים. סוכנים עם אפקט מחסל כזה הם סוכני מחסל. כגון תירם, נתרן פנטכלורופנוט, גופרית סיד וכן הלאה.