פונקציות חשובות של קוטלי פטריות

ישנם שני אופני פעולה של קוטלי פטריות: האחד הוא קוטל פטריות מגן, והשני הוא קוטל פטריות מערכתי. קוטלי פטריות מגן יוצרים קשר ישיר עם החיידקים הפתוגניים מחוץ לצמח או על פני השטח, הורגים או מעכבים את החיידקים הפתוגניים, כך שהם לא יכולים להיכנס לצמח, ובכך מגנים על הצמח מפני פגיעתם של החיידקים הפתוגניים. סוג זה של קוטל פטריות נקרא קוטל פטריות מגן, ולתפקידו שני היבטים: האחד הוא להרוג ישירות את החיידקים הפתוגנים לאחר ריסוס הסוכן, כלומר "אפקט קוטל חיידקים במגע"; השני הוא לרסס את הסוכן על פני הצמח בעבר, כאשר מושבת החיידקים הפתוגניים בגוף הצמח הורעלה כשבאה במגע עם הגורם, זה נקרא "אפקט חיידקי שיורי".
קוטלי פטריות שונים פועלים בדרכים שונות. לקוטל הפטריות המוחל על פני הצמח לפני ההדבקה הפתוגן יש השפעה מונעת ומגינה נקרא קוטל פטריות מגן או חומר מגן; קוטל הפטריות שיכול לחסל את החיידקים הנגועים באתר היישום נקרא קוטל פטריות מחסל; אלה שמועברים לחלק הנגוע בגוף כדי לחסל את החיידקים נקראים קוטלי פטריות מערכתיים. חומרי מיגור רבים הם גם גורמים מערכתיים, ולרובם יש השפעות טיפוליות כימיות. לכן, בפועל, קוטלי פטריות מחולקים לעתים קרובות פשוט לשני אופני פעולה: מגן ומערכתי. ניתן לחלק באופן גס את מנגנון הפעולה שלהם לשתי קטגוריות:
1. להפריע לתהליך הנשימה של חיידקים ולעכב ייצור אנרגיה.
2. הפרעה לביו-סינתזה של חומרי חיים חיידקיים כגון חלבונים, חומצות גרעין, סטרולים וכו'. קוטלי פטריות מגן הם לרוב מוצרים בעלי קשת חיידקים רחבה וכוח קוטל חיידקים נמוך. לקוטלי פטריות סיסטמיים יש בדרך כלל כוח קוטל חיידקים חזק וספקטרום קוטל חיידקים צר, ולחלק מהזנים יש רעילות סלקטיבית ספציפית לחיידקים פתוגניים מסוימים. מכיוון שנקודת הפעולה של הגורם המערכתי בחיידק היא יחידה יחסית, החיידקים נוטים לעמידות לתרופות עקב מוטציות גנטיות. על מנת למנוע או לעכב את הופעתה של עמידות לתרופה, ניתן בדרך כלל לבחור את חומר ההגנה המתאים ואת הסוכן המערכתי ליישום מעורב או שימוש חלופי, כך שניתן להשיג השפעות בקרה טובות יותר על ידי למידה זה מזה. בעת השימוש יש לאמץ שיטות מריחת חומרי הדברה שונות כגון טיפול בזרעים, ריסוס עלים וטיפול בקרקע בהתאם למאפייני התרחשות המחלה.